Ağaç kökünden yıkılır atasözünün manası: Bir iş, bir nizam, temelinden sarsılınca yıkılır.
Geçmişten bu yana mühlet gelen tertibin bozulması yahut değişmesi için detayları değiştirmek kâfi olmamaktadır. Nizamın değiştirilebilmesi yahut tekrar yapılandırılabilmesi için temelinin değiştirilmesi gerekmektedir. Tıpkı formda sistemin yıkılabilmesi için de temelinden sarsılması gerekmektedir.
Bu atasözünden çıkarılması gereken bir öbür mana ise; kurulan bir tertibin şayet temeli sağlam değilse yıkılmaya mecburdur, olmaktadır.